Christian Stäblein wuchs in Hannover auf und studierte in Göttingen, Berlin und Jerusalem Theologie, Judaistik, Philosophie, Geschichte und Rechtswissenschaft. Nach seinem Abschluss war er zunächst Pastor in der Kirchengemeinde Lengede bei Peine. Von 2001 bis 2005 promovierte Stäblein an der Universität Göttingen mit einer Dissertation zum Thema „Predigen nach dem Holocaust“. Seit 2008 wirkte er als Studiendirektor des Predigerseminar Loccum der Hannoverschen Landeskirche.
2015 wechselte Stäblein als Probst zur Evangelischen Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz (EKBO) und war als stellvertretender Bischof zuständig für theologische Grundsatzfragen. Am 5. April 2019 wurde er von der Landessynode zum Nachfolger von Markus Dröge als Bischof der Evangelischen Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz gewählt und am 16. November 2019 in der Marienkirche in Berlin in das Amt eingeführt.
Dr. Christian Stäblein ist verheiratet und hat vier Kinder.